Copenhagen City School blev grundlagt i 1995 af en gruppe forældre, ledet af Erik og Fatima Aller, med det formål at tilbyde undervisning med et internationalt perspektiv, på dansk og engelsk. Undervisningen skulle foregå i et multikulturelt miljø, præget af respekt og tolerance for forskellighed. De første år var det fremherskende sprog på skolen engelsk, selvom majoriteten af eleverne, allerede dengang, boede permanent i Danmark. Set i forhold til elevsammensætningen blev det dog stadigt tydeligere, at der var behov for mere undervisning på dansk. 

Derfor blev Copenhagen City School i begyndelsen af skoleåret 1999/2000 gendannet som en multikulturel privatskole med et internationalt perspektiv, men med den forskel, at det primære sprog på skolen skiftede fra engelsk til dansk. Engelsk har altid spillet en vigtig rolle på CCS - og gør det fortsat, med engelskundervisning lige fra 0.klasse, men for at imødekomme behovet fra størstedelen af vores elever, skiftede det primære sprog til dansk. 

Siden 2001 er skolens elevtal fordoblet, således at der i dag går rundt regnet 234 elever, med en klassekvotient på 24 elever, fordelt på 0.- 9.klasse. Skolen har en sund økonomi, og vi har prioriteret vores undervisingsmidler og IT, samt de naturvidenskabelige fag.

Vi har interaktive whiteboards i alle klasser, samt et nyt fysik/kemilokale. Dette har bl.a. betydet, at vi de sidste år har været blandt de 10 stærkeste skoler i landet, når det gælder om at højne elevernes faglige niveau i både sprog- og de naturvidenskabelige fag (se også menupunktet "artikler om skolen"). 

I 2014 skiftede skolen navn fra Copenhagen Euro-School til det nuværende Copenhagen City School.  

I 2019 fik Copenhagen City School grøn skole-status. Der arbejdes bl.a. med affaldssortering, plantevæg og vedvarende energi.